前陣子荷爾蒙療法曾掀起一陣軒然大波，根據美國衛生研究院對婦女服用荷爾蒙所發表的研究報告指出，健康的停經婦女，不應只是為了預防心臟病而服用荷爾蒙。研究中指出，服用荷爾蒙雌激素0.625毫克加上黃體素2.5毫克的製劑，在每一萬人中會增加7個心臟病、8個中風、18個血栓症、8個肺栓塞、8個乳癌的病例，但會減少6個直腸癌及5個髖骨骨折病例。因此報告建議健康無更年期不適症狀的婦女，不宜服用荷爾蒙。此外，雖有停經症候群的症狀，但本身患有乳癌、子宮癌、不明原因子宮出血、血栓症、肝病、膽囊病變的病人，也都不應使用荷爾蒙療法。
除了此類療法的禁忌者不宜服用荷爾蒙外，美國食品藥物管制局也認定荷爾蒙療法對有骨質疏鬆、緊張、失眠、心悸、潮紅、盜汗和陰道乾燥等症狀病人的治療效果。如果病人因緊張、失眠、心悸、潮紅、盜汗等症狀，而服用荷爾蒙，在服用半年至一年後，應該慢慢停藥觀察，如果仍有症狀，再行服用。在治療的同時，定期的血液、乳房及婦科檢查都是不可或缺的。
另外，根據最近的研究發現，嗜喝咖啡且大量飲用的婦女，如果同時正接受荷爾蒙療法，會增加其罹患巴金氏症的風險性。
哈佛醫學院Ascherio醫師在其最近出爐的研究報告中指出，嗜喝咖啡且習慣大量飲用的婦女，如果同時正接受荷爾蒙療法，其罹患巴金氏症的危險會比同樣接受該療法，但未大量飲用咖啡的婦女高出4倍之多。之前很多研究都顯示，習慣喝咖啡的男性其罹患巴金氏症的危險性較低，但在女性方面，並未有研究報告。Ascherio醫師對77713位婦女持續追蹤18年後，發現其中有154位罹患了巴金氏症。在這整個研究中，一個重大的發現是Ascherio醫師發現，接受荷爾蒙療法的婦女，如果嗜喝咖啡，且一天喝到6杯以上，則會大大的增加她們得到巴金氏症的危險性。在另一方面，研究數據也顯示，接受荷爾蒙療法的婦女，如果平日不喝咖啡或只喝少量咖啡，則有較不易罹患巴金氏症的保護作用。研究發現，荷爾蒙藥物及咖啡在身體內代謝時，都會經過CYP1A2的途徑。這也許可以解釋荷爾蒙療法和咖啡因之間某些關聯性。
